Версия следствия: участвовал в массовых беспорядках, сопровождающихся насилием и уничтожением имущества при проведении протестной акции 27 июля 2019 года. В ходе следствия было установлено, что «не позднее 27 июля 2019 года неустановленные лица организовали несанкционированные протестные акции в центре Москвы, а в период с 12 часов до 21 часа организовали колонны участников, среди которых находился Алексей Миняйло, и направили их по маршруту движения: Столешников, Газетный, Брюсовский, Леонтьевский, Вознесенский переулки, улицы Арбат и Большая Никитинская, Театральный проезд и по другим улицам центрального административного округа Москвы. В ходе указанных протестных акций их участники применяли насилие и оказывали сопротивление представителям власти».
Позиция защиты: 27 июля 2019 года до 13:45 находился в Центре сбора подписей кандидата в Мосгордуму Любови Соболь, что подтверждают многочисленные свидетели и видео с камер наружного наблюдения. После 13:45 с журналистами на такси отправился к зданию Хамовнического суда, где ожидал решение по административному делу в отношении Соболь, после чего вернулся в Центр сбора подписей Соболь, где находился до 19:25. После этого вышел на улицу и в непосредственной близости к Центру сбора подписей Соболь был задержан сотрудниками полиции в 19:36, помещён в спецтранспорт и доставлен в отделение полиции для составления административного протокола. Действия Миняйло не образуют состав преступления, предусмотренного ч. 2 ст. 212 УК РФ: он не принимал участие в акции 27 июля 2019 года, не применял к кому-либо насилие, в том числе с использованием предметов и веществ, представляющих опасность для окружающих, не уничтожал чужого имущества.
Обстоятельства ареста: Алексей был задержан на Трубной площади на акции 27 июля, провёл 48 часов в ОМВД Лужники. Ночью 1 августа к нему домой пришли с обыском. После обыска Алексея доставили в Следственный комитет, где допросили как подозреваемого.
Алексей вину не признаёт и настаивает, что участия в митинге не принимал: в тот день он находился в Хамовническом суде Москвы, где поддерживал Соболь, но данное обстоятельство не было рассмотрено как доказательство невиновности.
26 сентября 2019 года на заседании Басманного суда по продлению меры пресечения Алексею прокуратура заявила об отстутствии в деле состава преступления и ходатайствовала о прекращении уголовного преследования. Вечером того же дня Алексей был отпущен на свободу, а дело в отношении него прекращено.